Programme

Programme, die jeder Bioinformatiker irgendwann braucht. Besonders am Anfang.

SSH / Remote

PuTTY: SSH-Verbindungen von Windows aus. Damit bekommt man eine verschlüsselte Verbindung zu einem anderen Rechner, wenn dort ein SSH-Server installiert ist. An praktisch allen Uni-Rechnern ist das der Fall. Zur MI Rechnerhalle geht's über die Adresse rayhalle.informatik.tu-muenchen.de , zur LMU mit remote.cip.ifi.lmu.de und zum WZW mit praktikum.bio.wzw.tum.de.
NX Client (NoMachine): An der LMU wird von der RBG ein NX-Rechner betrieben unter der Adresse nx.cip.ifi.lmu.de. Damit bekommt man den Linux-Desktop der LMU grafisch auch unter Windows. Ist wesentlich schneller als X-Forwarding.
WinSCP: Dateiübertragung über SSH / SCP. Damit lässt sich auch das Zertifikat^[+] für das Grundstudiumstool herunterladen.
Xming: Ein X-Server für Windows, d.h. in Verbindung mit einem SSH-Client wie PuTTY lassen sich damit Linux-Programme direkt in Windows anzeigen. Benötigt jedoch eine sehr schnelle Internetverbindung, selbst mit DSL ist die Anzeige noch stark verzögert. Innerhalb des Uni-Netzwerks läuft alles flüssig. Je weniger Bildschirminhalt aktualisiert werden muss, desto schneller reagiert das Programm, z.B. emacs funktioniert deshalb auch von zuhause gut.

7-Zip: ein kostenlosess Komprimierprogramm, das neben .zip Dateien auch die unter Unix verbreiteteren .gz, .bz, .tar öffnen kann, sowie .lzma und noch einige mehr
FreePDF: damit wird ein virtueller Drucker installiert, der als Ergebnis ein PDF erzeugt. Funktioniert dementsprechend mit allem, das einen Drucker ansteuern kann (Word, Excel, ...)
GIMP: ein kostenloses Grafikprogramm, das die meisten Sachen kann, die man als Leihe sonst Photoshop abverlangen würde. Wer die Menüführung von Photoshop gewohnt ist, kann auch GIMPshop ausprobieren, dieses wird jedoch nicht weiter entwickelt.
MiKTeX: LaTeX für Windows. Ist später vor allem für Ausarbeitungen interessant. Für Linux ist es sinnvoller, eine Latex-Distribution zu installieren, die im jeweiligen Paket-Manager mitgeliefert wird, also zB. TexLive. Zum erstellen der Latex-Dokumente braucht man noch einen Editor, der beste ist Kile. Für Windows gibt es Kile inzwischen auch, in der KDE Windows Initiative.

DavMail: funktioniert als Adapter für Exchange-Accounts, wie wir sie für MyTUM bekommen. Damit lässt sich aus Thunderbird der Kalender ansteuern und der Mailversand per SMTP kann getunnelt werden, sodass kein VPN mehr nötig ist. IMAP würde auch getunnelt, ist aber auch direkt von MyTUM verfügbar. Die Kontakte werden per LDAP bereitgestellt, womit Thunderbird sie momentan leider nur anzeigen aber nicht bearbeiten kann.
Pidgin: ein Chat Client, der ICQ, MSN, Jabber / XMPP und noch viele andere Protokolle unterstützt und keine Werbung anzeigt.

andLinux: führt Linux-Programme möglichst nahtlos und mit wenig Overhead unter Windows aus. Baut auf Ubuntu auf und läuft nur mit 32 Bit.
VirtualBox: Eine virtuelle Maschine (VM). Damit kann innerhalb eines laufenden Betriebssystems (zB. Windows) ein weiteres Betriebsystem gestartet werden (zB. Linux). Dieses läuft dann innerhalb des Programms bzw. der virtuellen Maschine. Wichtig ist hier, dass für beide Betriebssysteme Arbeitsspeicher benötigt wird! Etwa 1GB sollte man dem Ubuntu schon genehmigen, also macht eine VM erst Spaß, wenn man mindestens 2GB RAM hat, besser noch 4GB.
Wubi: damit lässt sich Ubuntu (eine Linux Distribution) unter Windows installieren wie jedes andere Programm. Beim Booten kann dann ausgewählt werden, ob Ubuntu oder Windows gestartet werden soll. Nachträglich kann man die Ubuntu-Installation auch in eine eigene Partition schreiben lassen.