Cluster Computing

Jedem Bioinformatiker steht die Möglichkeit frei, auf einem Cluster mit etwa 100 CPUs Berechnungen ausführen zu lassen, die er für sein Studium oder eine Abschlussarbeit braucht.

Es handelt sich um 24 Rechner mit je 2x 2.6 GHz dual core CPUs (also 4 Kernen gesamt) und 8 GB RAM und den Hostnamen bimsc01..24.cip.ifi.lmu.de.

Dagegen sind Rechner bimsc25..26.cip.ifi.lmu.de mit jeweils 32 GB RAM ausgestattet und sollten nur verwendet werden, wenn entsprechend viel RAM benötigt wird.

Zur Verwaltung der Cluster wird die Sun GridEngine verwendet, weshalb ein Script benötigt wird, welches die gewünschten Einstellungen vornimmt.

Ein Beispiel:

# Script submit.sh
#
# This options tells gridware to change to the current directory before
# executing the job (default is the home of the user)
#$-cwd
#
# This option declares the amount of memory the job will
# use. Specify this value as accurat as possible. If you
# declare too low memory usage, your job may be aborted.
# If you declare too high memory usage, your job might be
# wait for a long time until it is started on a machine
# that has the sufficient amount of free memory.
#$-l vf=1500m

# If you want to change the name of the job to a diffent name than the
# filename of your script, you may use this option
#$-N jobName

# Please insert your mail address!
#$-M username@host.de

# You can only decrease your jobs priority. Whenever it's not VERY
# urgent, you should decrease it.
#$-p -10

# Change the output of your jobs to a different place. If you specify
# an existant subfolder, the output will be placed there
#$-o stdOut
#$-e stdErr

# source the common environment
. /etc/profile

# here goes your actual program
java -jar helloWorld.jar

Ein letzter wichtiger Hinweis: alle Optionen, die in diesem Script gesetzt werden, sind auch Kommandozeilenoptionen für qsub. Der Befehl man qsub sollte also alle Fragen beantworten können.

Weitere Informationen und Beispiele finden sich auf BIM Compute Cluster.